Na de Reformatie in 1572 werd het rooms-katholieke geloof door de protestantse overheid verboden. Het celebreren van de mis moest sindsdien, tot de Omwenteling in 1795, plaats vinden in schuilkerken. Sinds de Reformatie werd iedere rooms-katholieke geloofsgemeenschap in de Republiek door Rome beschouwd als missiepost en derhalve, tot het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in 1853, aangeduid als statie. In Gouda zijn er zes van dergelijke staties geweest.

Deze plek is de oorspronkelijke locatie van de franciscaner Minderbroedersstatie, gewijd aan Sint Jozef. De statie werd gesticht in 1633 in de Groenendaal, werd in hetzelfde jaar verplaatst naar de Hoge Gouwe ten zuiden van de Aaltje Baksteeg, en verhuisde tenslotte in 1640 naar de huidige plaats aan de Hoge Gouwe. Deze huiskerk werd in 1732 geheel door nieuwbouw vervangen. Nadat dit gebouw in 1767 tot de grond toe was afgebrand, begon in 1769 de bouw van een nieuwe Minderbroederkerk, vermoedelijk ontworpen door Pieter de Swart. Na het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in 1853, ontstond in 1856 uit de statie de Sint-Jozefparochie. Deze liet de Minderbroederkerk in 1903 vervangen door de huidige monumentale Sint-Jozefkerk, naar ontwerp van C.P.W. Dessing.

Deze Gouwekerk is een neogotische driebeukige kruisbasiliek met een door zijkapellen geflankeerd vijfzijdig gesloten koor. Ook het transept is aan weerszijden vijfzijdig gesloten. De lichtbeuk rust op ronde kolommen met bladkapitelen en colonnetten. De kerk is overkluisd met kruisribgewelven. Het interieur is uitgevoerd in ongepleisterd siermetselwerk. Op de kruising staat een tachtig meter hoge zeshoekige spits die het stadssilhouet domineert.

In 1972 werd het gebouw verkocht aan de Stichting Johan Maasbach Wereldzending, die het inmiddels weer te koop heeft gezet. Er wordt overwogen om in de kerk woonappartementen te bouwen.