Na de Reformatie in 1572 werd het rooms-katholieke geloof door de protestantse overheid verboden. Tot de Omwenteling in 1795 moest de mis in het geheim plaats vinden in schuilkerken. Het betrof aangepaste woonpanden met aan de achterzijde een mogelijkheid voor de kerkgangers om, wanneer er onraad dreigde, te ontsnappen. Aan het eind van de zestiende en het begin van de zeventiende eeuw moesten de huiskerken van de katholieke gelovigen voortdurend verhuizen vanwege de dreigende situatie.

De statie Sint Jan Baptist werd in 1630 gevestigd in het pand Hoge Gouwe 113. Algauw werden bovendien twee huizen aan de Raam gekocht, zodat de statie een onopvallende toegang kon krijgen. In 1632, 1665 en 1684 werden aan dit pand nog een drietal huizen aan de Gouwe en enkele pandjes aan de Raam toegevoegd. Door deze aankopen kon het kerkgebouw in 1685 aanzienlijk worden verbouwd en kreeg het een indrukwekkende kerkzaal.

Bij het Schisma van Utrecht in 1723 kozen de staties De Tol (Hoge Gouwe 71-73-75) en Sint Jan Baptist voor een afscheiding van Rome en gingen zij als oud-katholieke kerk verder. Maar nadat er door het schisma nogal wat gelovigen waren afgevallen, viel De Tol af, en ging Sint Jan Baptist alleen verder. In 1863 werd de kerkzaal uitgebreid met een nieuw hoofdaltaar. Aan de buitenzijde werd het complex ingrijpend verbouwd en verfraaid. Er ontstond een brede, gepleisterde pronkgevel met feestelijke versieringen. Ook het interieur is fraai met een gebeeldhouwde preekstoel, een communiebank uit omstreeks 1685, en een hoofdaltaar met aan weerszijden getorste zuilen. De kerk bezit verder schilderijen, oude liturgische gewaden, kostbaar kerkzilver en prachtige paramenten (altaarvoorzetsels).